Rodrigo,
Eu também tenho um problema semelhante ao seu.
Para solucioná-lo, vamos usar um pouco de teoria. A ferrugem ocorre (no porta-malas e etc) devido ao acúmulo de água e sujeira nesses locais. Se você for solucionar somente o local onde estiver enferrujado, provavelmente no futuro aparecerão outros pontos de ferrugem. O lance é que a sujeira retém umidade (água) ocasionando a ferrugem.
Se você reparar bem, há outros lugares onde há acumulo de sujeira, como por exemplo nas abas que seguram as borrachas dos vidros das portas. Portanto, o ideal é, em primeiro lugar, fazer uma limpeza completa. Como? tirando a borracha que segura o vidro do porta-malas (consequentemente o vidro). Com certeza as partes escondidas pela borracha vão estar bem sujas.
Depois trate os pontos que estão enferrujados. Como? primeiro raspando as partes prejudicadas, até sumir a ferrugem e, logo após (logo após mesmo, para a ferrugem não voltar) passar uma camada de tinta, igual ou pelo menos parecida com a cor do seu carro.
No meu ponto de vista, esse seria o certo.